сайт может не работать по многим причинам, и ошибка в каком-то скрипте лишь одна из возможных. Но если проблема именно в этом, то обычно логи смотрим. При обращении к какой странице получаем 5хх ошибки. И далее уже смотрим, а что там на этой странице. Я не особо знаю PHP, но думаю там можно включить дебаг-режим, при котором выводятся ошибки. Наверняка можно это сделать для определенных IP адресов, чтобы наружу не светить их.
Проверить по логам сервера какой скрипт нагрузил так сильно систему по времени, предшествующему отказу
